Управление природопользованием предполагает осуществление целого ряда специфических функций, то есть видов деятельности, воздействующих на эколого-экономические отношения. Общими для всех отраслей и звеньев управления природопользованием являются следующие функции:

- нормотворчество и законодательная инициатива в области охраны окружающей среды и природопользования;

- учет природных объектов и ведение природных кадастров;

- осуществление мониторинга окружающей среды;

- экологический контроль, экспертиза и аудит;

- эколого-экономическое прогнозирование и планирование;

- экономическое стимулирование природоохранной деятельности;

- разрешение споров о праве пользования природными ресурсами, применение санкций за нарушение природоохранного законодательства и др.

До недавнего времени наиболее распространенными и действенными в системе управления природопользованием были административные методы. Они применялись в условиях монопольного владения государства природными ресурсами, установления правовых норм и порядка воздействия на окружающую среду заинтересованными ведомствами-природопользователями, сохранения предприятий, наносящих ущерб природе, в десятки раз превышающий стоимость выпускаемой продукции. В такой обстановке только административное управление позволяло без применения жестких экономических санкций (которые попросту разорили бы предприятие) в какой-то мере сдерживать эколого-катострофические ситуации.

Общесистемные функции административного управления обычно включают следующие виды деятельности:

планирование, в том числе формирование целей, задач, определение необходимых ресурсов для их выполнения (материальных, финансовых, кадровых), формирование приоритетов, прогнозирование результатов;

проведение организационных мероприятий с выполнением детальной классификации предстоящих работ;

подбор и расстановка кадров, повышение их квалификации с учетом новых задач и выдвигаемых требований;

технологическое и санитарно-гигиеническое нормирование хозяйственной деятельности, нормирование качества выпускаемой продукции и окружающей среды;

выполнение контрольных и учетных функций, лицензирование различных видов природопользования, осуществление мониторинга окружающей среды, разработка экологических правил, нормативно-правовых актов и т.п.